北京大学学报(医学版) ›› 2011, Vol. 43 ›› Issue (6): 785-791.

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北京汉族和约鲁巴人群ROR2基因单核苷酸多态性的比较研究

王红△,赵凯平   

  1. (北京大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系,北京 100191)
  • 出版日期:2011-12-18 发布日期:2011-12-18

  • Online:2011-12-18 Published:2011-12-18

摘要: 目的:比较北京汉族人群(CHB)和尼日利亚约鲁巴人群(YRI)ROR2基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)和单体域特征,为两组人群病因学研究中SNPs的确定和分析提供依据。方法:用Haploview 4.2软件对HapMap数据库中CHB和YRI人群ROR2基因SNPs数据进行分析和比较,两人群共同标签SNPs的确定由SPSS 13.0软件辅助完成。结果:HapMap计划在CHB和YRI人群分别测定了404和403个ROR2基因的SNPs,两人群均有5个SNPs分别位于第6或第9外显子区,其中rs10761129和rs10820900等位基因的变化可导致错义突变。全部所测SNPs中,纯合基因型SNPs在CHB和YRI均为101个(25.6%),其中66个(65.3%)SNPs在两人群相同。YRI纯合基因型SNPs中,有两个SNPs(rs1135150、rs2230577)在CHB为合格SNPs且位于第9外显子区。CHB未测定的9个SNPs在YRI均为合格SNPs,YRI未测定的10个SNPs中,6个在CHB为合格SNPs。非纯合基因型SNPs中,排除各自不符合研究条件的36个和10个SNPs后,CHB和YRI均测定的293个SNPs中合格SNPs分别为257和283个。CHB和YRI人群214个共同合格的SNPs中有177个最小等位基因相同,其中最小等位基因频率(minor allele frequency, MAF)差值相对比<20%的为30个,占全部合格SNPs的11.4%和10.3%。214个共同合格SNPs在CHB和YRI中分别构建了18和26个单体域,除1个单体域在CHB和YRI完全重叠,CHB和YRI分别有2个和1个独立单体域外,其余单体域在两人群部分重叠。两人群各自合格SNPs中确定了44个共同标签SNPs,分别占各自标签SNPs的57.1%(CHB)和35.2%(YRI)。结论:ROR2基因纯合基因型SNPs在HapMap所测CHB和YRI人群数据中占相当的比例。CHB和YRI人群ROR2基因SNPs在等位基因组成、MAF和单体域构成等方面以独特性为主,与人群地域和种族属性相一致。

关键词: 多态性, 单核苷酸, 基因频率, ROR2基因, 汉族, 尼日利亚

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