北京大学学报(医学版) ›› 2014, Vol. 46 ›› Issue (5): 698-702.

• 论著 • 上一篇    下一篇

以大肠埃希菌tolC蛋白为靶标的适配体的筛选及结构分析

陈伶利, 李杰, 张晓青, 宋岚, 钱纯, 葛金文△   

  1. (湖南中医药大学医学院,长沙410208)
  • 出版日期:2014-10-18 发布日期:2014-10-18

Screening and structure analysis of the aptamer target to Escherichia coli tolC protein

CHEN Ling-li, LI Jie, ZHANG Xiao-qing, SONG Lan, QIAN Chun, GE Jin-wen△   

  1. (Medical school of Hunan University of Chinese Medicine, Changsha 410208, China)
  • Online:2014-10-18 Published:2014-10-18

摘要: 目的: 筛选大肠埃希菌外排泵tolC蛋白的核酸适配体。方法: 重组表达大肠埃希菌外排泵外膜蛋白tolC,利用指数富集的配体系统进化技术(stematic evolution of ligand by exponential enrichment,SELEX)从单链DNA文库中筛选出一组能够特异性与其结合的核酸适配体。利用FITC荧光素标记技术检测每轮单链DNA文库与靶蛋白的亲和力,直至亲和力的上升趋于饱和,将最后一轮筛选产物克隆测序,并用DNAman软件分析其二级结构。结果: 经过12轮筛选,单链DNA文库与靶标蛋白的亲和力趋向稳定,将第12轮筛选产物克隆测序,对获得的23个适配体进行分析。一级结构分析显示23个适配体并无共同的保守序列,但分别有3对和2对适配体序列完全一致。二级结构预测分析表明,茎环结构为适配体主要的结构形式,提示其可能是适配体与tolC蛋白蛋白特异性结合的基础。根据二级结构特点可将23个适配体分为4个家族,其中20号适配体与靶标蛋白亲和力最高。结论: 成功利用SELEX技术筛选获得了特异结合tolC的高亲和力的核酸适配体,为大肠埃希菌耐药干预及机制研究奠定了基础。

关键词: 适体, 核苷酸, tolC蛋白, 大肠杆菌, 抗药性

Abstract: Objective:To screen and characterize the aptamer of Escherichia coli outer member protein tolC. Methods: By using the recombinant E.coli outer member protein tolC for the screening target, oligonucleotides which were capable of specifically binding to the protein were screened from a random oligonucleotide library through the stematic evolution of ligand by exponential enrichment (SELEX) technique. The binding capacity of ssDNA to the targeted protein from each round was detected by the FITC fluorescence labeling technique.The ssDNA from the last cycle was cloned and sequenced,and the second structure was further analyzed by the DNAMan program.  Results: After 12 cycles of selection, 40 clones were selected randomly and sequenced. Although a unique conserved sequence was not obtained among the 23 obtained aptamers by the primary structure analysis,three pairs of aptamers and two pairs of aptamers were found to be identical.Analysis of the secondary structure revealed that the stemloop and bulge loop were the main motifs,indicating that they might play a key role in the binding of aptamers to the target protein. According to the characteristic of the second structure,23 aptamers were divided into four families,and aptamer 20 bore the greatest affinity.Conclusion: Aptamers against E.coli outer member protein tolC were successfully identified by the SELEX method. The results laid a foundation for the investigation of the interference to the drug resistance of E. coli and the underlying mechanisms.

Key words: Aptamers, nucleotide, tolC protein, E.coli, Drug resistance

[1] 苏俊琪,宋扬,谢尚. 口腔鳞状细胞癌患者修复重建术后感染的病原学特征及感染风险预测模型的构建[J]. 北京大学学报(医学版), 2022, 54(1): 68-76.
[2] 刘建,王宪娥,吕达,乔敏,张立,孟焕新,徐莉,毛铭馨. 广泛型侵袭性牙周炎患者牙根形态异常与相关致病基因的关联[J]. 北京大学学报(医学版), 2021, 53(1): 16-23.
[3] 鲍轶,莫娟芬. 同时性多原发肺腺癌组织编码转录因子ERG基因相同位点突变1例报告[J]. 北京大学学报(医学版), 2020, 52(5): 971-974.
[4] 田艳,朱军. p53 rs1625895基因多态性与弥漫大B细胞淋巴瘤预后相关性分析[J]. 北京大学学报(医学版), 2019, 51(5): 791-796.
[5] 康玉琦,张月苗,侯平,师素芳,刘立军,周绪杰,吕继成,张宏. IgA肾病易感基因遗传多态性的种族差异分析[J]. 北京大学学报(医学版), 2019, 51(3): 459-466.
[6] 张杰铌,宋凤岐,周绍楠,郑晖,彭丽颖,张倩,赵望泓,张韬文,李巍然,周治波,林久祥,陈峰. 中国唇腭裂患者Sonic hedgehog信号通路相关单核苷酸多态性的分析[J]. 北京大学学报(医学版), 2019, 51(3): 556-563.
[7] 王丹丹,甘业华,马绪臣,孟娟红. ADAMTS14基因单核苷酸多态性与汉族女性颞下颌关节骨关节炎的相关性研究[J]. 北京大学学报(医学版), 2018, 50(2): 279-283.
[8] 康磊,霍焱,王荣福,张春丽,闫平,徐小洁. MicroRNA-155靶向的放射性标记探针对乳腺癌小鼠模型的活体显像[J]. 北京大学学报(医学版), 2018, 50(2): 326-330.
[9] 徐啸翔,曹烨,傅开元,谢秋菲. 咬合干扰致大鼠咬肌能量代谢产物含量变化[J]. 北京大学学报(医学版), 2017, 49(1): 25-030.
[10] 刘艳霞,杨雪松,付卫,姚宏伟. 单核苷酸多态性位点rs6983267与溃疡性结肠炎及大肠癌的相关性[J]. 北京大学学报(医学版), 2016, 48(6): 994-999.
[11] 刘滕飞,张婧薇,陈夏欢,冯雪茹,柏中胜,刘梅林. CMTM5基因rs723840单核苷酸多态性与阿司匹林治疗下血小板高反应性的相关性研究[J]. 北京大学学报(医学版), 2015, 47(6): 905-909.
[12] 池里群, 卢新, 王雷, 刘叔平, 丁楠, 张洪影, 鄂文. 细胞色素P450 3A4基因多态性分子检测指导分娩镇痛舒芬太尼用药[J]. 北京大学学报(医学版), 2015, 47(4): 653-656.
[13] 刘大锦, 冯孟贤, 刘民. 中国未接受抗病毒治疗的人类免疫缺陷病毒/获得性免疫缺陷综合征(HIV/AIDS)人群HIV原发耐药的Meta分析[J]. 北京大学学报(医学版), 2015, 47(3): 474-482.
[14] 董菲, 姚贝, 王晶, 景红梅, 克晓燕. 单中心2011年至2013年度血液科院内感染细菌分布及其耐药性[J]. 北京大学学报(医学版), 2015, 47(3): 499-503.
[15] 常亮, 赵楠, 魏媛, 钟粟, 刘平, 乔杰. 单核苷酸多态性微阵列与染色体核型分析的产前诊断意义比较[J]. 北京大学学报(医学版), 2014, 46(5): 676-680.
Viewed
Full text


Abstract

Cited

  Shared   
  Discussed   
[1] 田增民, 陈涛, Nanbert ZHONG, 李志超, 尹丰, 刘爽. 神经干细胞移植治疗遗传性小脑萎缩的临床研究(英文稿)[J]. 北京大学学报(医学版), 2009, 41(4): 456 -458 .
[2] 郭岩, 谢铮. 用一代人时间弥合差距——健康社会决定因素理论及其国际经验[J]. 北京大学学报(医学版), 2009, 41(2): 125 -128 .
[3] 成刚, 钱振华, 胡军. 艾滋病项目自愿咨询检测的技术效率分析[J]. 北京大学学报(医学版), 2009, 41(2): 135 -140 .
[4] 卢恬, 朱晓辉, 柳世庆, 郑杰, 邱晓彦. 白细胞介素2促进宫颈癌细胞系HeLaS3免疫球蛋白G的表达[J]. 北京大学学报(医学版), 2009, 41(2): 158 -161 .
[5] 袁惠燕, 张苑, 范田园. 离子交换型栓塞微球及其载平阳霉素的制备与性质研究[J]. 北京大学学报(医学版), 2009, 41(2): 217 -220 .
[6] 徐莉, 孟焕新, 张立, 陈智滨, 冯向辉, 释栋. 侵袭性牙周炎患者血清中抗牙龈卟啉单胞菌的IgG抗体水平的研究[J]. 北京大学学报(医学版), 2009, 41(1): 52 -55 .
[7] 董稳, 刘瑞昌, 刘克英, 关明, 杨旭东. 氯诺昔康和舒芬太尼用于颌面外科术后自控静脉镇痛的比较[J]. 北京大学学报(医学版), 2009, 41(1): 109 -111 .
[8] 祁琨, 邓芙蓉, 郭新彪. 纳米二氧化钛颗粒对人肺成纤维细胞缝隙连接通讯的影响[J]. 北京大学学报(医学版), 2009, 41(3): 297 -301 .
[9] Jian-wei GU, Emily YOUNG, Zhi-jun PAN, Kevan B. TUCKER, Megan SHPARAGO, Min HUANG, Amelia Purser BAILEY. SD大鼠长期高盐饮食可导致其高血压并改变肾细胞因子基因表达谱[J]. 北京大学学报(医学版), 2009, 41(5): 505 -515 .
[10] 李宏亮*, 安卫红*, 赵扬玉, 朱曦. 妊娠合并高脂血症性胰腺炎行血液净化治疗1例[J]. 北京大学学报(医学版), 2009, 41(5): 599 -601 .