北京大学学报(医学版) ›› 2014, Vol. 46 ›› Issue (5): 739-743.
刘文龙1*,王路漫2*,贺东奇2△,张天蓝1,苟宝迪1,李庆1△
LIU Wen-long1*,WANG Lu-man2*,HE Dong-qi2△, ZHANG Tian-lan1, GOU Bao-di1, LI Qing1△
摘要: 目的:提出一种计算寡糖分子结构分形维数的有效方法,为寡糖药物的分子设计及活性研究提供新的思路。方法:利用能量优化原理和计算机模拟技术,找到寡糖分子的稳态位型,进一步应用分形理论的盒维数原理,建立一种计算寡糖分形维数的有效方法。结果:应用所提出的方法,计算得到22种寡糖的分形维数,其均值m=1.518 8±0.107 2。此外,经实验证实有活性的多价寡糖An-2和Gu-4分形维数分别为1.478 1和1.516 0,而C型凝集素样受体Dectin-1的受体结合域2CL8的分形维数为1.541 2。实验和计算结果有助于发现一类以Dectin-1为受体的糖苷类药物。结论:分形维数是能够区别于其他已知宏观参量而表征化合物分子微观结构和功能的参量,在寡糖药物的分子设计及活性研究中可能发挥重要作用。做寡糖药物筛选时,可先分别计算受体及所设计寡糖或糖簇分子的分形维数,而后选择分形维数相接近的进行合成,以期得到具有潜在活性的药物分子。
[1] | 周德敏,李海伟,肖苏龙. 中药抗病毒的物质基础:从五环三萜说开来[J]. 北京大学学报(医学版), 2022, 54(5): 832-836. |
[2] | 瞿经纬,吕肖庆,刘振明,廖媛,孙鹏晖,王蓓,汤帜. 一种基于图塌缩的药物分子检索方法[J]. 北京大学学报(医学版), 2018, 50(2): 368-374. |
[3] | 霍长虹, 梁鸿, 林文翰, 赵玉英. 苯骈噁嗪酮类化合物的结构特征和谱学规律[J]. 北京大学学报(医学版), 2006, 38(3): 321-323. |
[4] | 郑璐, 吴刚, 王邠, 吴立军, 赵玉英. 合欢皂苷及苷元的分离鉴定[J]. 北京大学学报(医学版), 2004, 36(4): 421-425. |
[5] | 邹坤, 王邠, 赵玉英, 郑俊华, 张如意. 合欢皮中一个新的八糖苷[J]. 北京大学学报(医学版), 2004, 36(1): 18-20. |
[6] | 杨秀伟, 杨晓达, 蒲小平, 钱忠明, 王夔. 创新药物研究中的吸收、分布、代谢、排泄/毒性(ADME/Tox.)平台建设[J]. 北京大学学报(医学版), 2004, 36(1): 5-8. |
[7] | 赵明, 王超, 彭师奇. 寡肽药物先导结构的发现与优化[J]. 北京大学学报(医学版), 2002, 34(5): 506-512. |
[8] | 叶新山. 寡糖的组合合成[J]. 北京大学学报(医学版), 2002, 34(5): 451-456. |
[9] | 杨秀伟, 张礼和. 基础和应用基础研究是创新药物研究与开发的源泉[J]. 北京大学学报(医学版), 2001, 33(3): 193-198. |
[10] | 王东升, 邱晓彦, 朱晓辉, 吕蓬, 姜南, 吕平, 张玲, 张岩, 高晓明. 人宫颈癌传代细胞Ig样蛋白的纯化分析[J]. 北京大学学报(医学版), 2000, 32(4): 310-312. |
|