摘要: 目的:建立通用的蛋白质、核酸序列信息数据类型和数据库结构,为建立专用的生物医学信息数据库奠定基础.设计自动获取数据的软件,彻底改变手动获取数据的方式.方法:以美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立的GenBank数据库和欧洲分子生物信息学实验室(EBI)维护的Swiss-Prot数据库分别作为一级和二级数据库的信息来源;通过分析,设计新的数据模型;建立本地数据库.编写了专用软件从网上获取数据,并且进行分类整理,存入数据库,同时利用软件的管理和查询功能对于本地数据进行管理和检索.结果:建立核酸、蛋白质常用信息数据库,设计相关信息获取、管理软件.以心衰相关基因数据库为例,利用所设计系统实现专业生物信息数据库.提出网上发布的方案.结论:结合生物技术研究的需要,设计软件获取网上的生物信息数据,可以大大地提高效率.将不同的数据库数据结合起来,建立新的数据类型和数据分类,可以改进查询方式,并实现本地发布.
[1] | 刘筱敏. 利用引文数据库提升论文水平[J]. 北京大学学报(医学版), 2009, 41(6): 721-722. |
[2] | 梅芳, 唐军民, 钟金妍, 齐伟宏, 唐岩, 李枫. 人羊膜基质细胞作为骨组织工程种子细胞的应用[J]. 北京大学学报(医学版), 2009, 41(2): 192-195. |
[3] | 景霞, 张其鹏, 国强华, 卢铭, 朱晓华, 石磊, 芮伟, 尚彤. 网上免费医学生物学数据库指南的建立[J]. 北京大学学报(医学版), 2004, 36(3): 322-326. |
[4] | 张其鹏, 张丹, 刘贝, 朱晓华, 卢铭, 陈光慧, 尚彤, 汤健. 心力衰竭相关基因和蛋白质数据库的初构[J]. 北京大学学报(医学版), 2002, 34(3): 276-280. |
[5] | 张其鹏, 张丹, 刘贝, 朱晓华, 卢铭, 陈光慧, 尚彤, 汤建. 高血压相关基因和蛋白质数据库的初构[J]. 北京大学学报(医学版), 2002, 34(2): 178-183. |
[6] | 卢铭, 尚彤. 医学生物信息网的建立和发展[J]. 北京大学学报(医学版), 2001, 33(2): 189-191. |
[7] | 尚彤, 张丹, 卢铭. 生物信息学概述[J]. 北京大学学报(医学版), 2001, 33(1): 92-95. |
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