北京大学学报(医学版) ›› 2002, Vol. 34 ›› Issue (1): 83-85.

• 技术方法 • 上一篇    下一篇

蛋白质、核酸序列信息的获取、管理和发布

尚彤,张其鹏,张丹,刘贝,谭耀麟   

  1. ^A北京大学心血管基础研究所,北京,100083^B北京大学^C1447^D1%^A清华大学电子工程系^B清华大学^C635^D2
  • 出版日期:2002-02-28 发布日期:2002-02-28

  • Online:2002-02-28 Published:2002-02-28

摘要: 目的:建立通用的蛋白质、核酸序列信息数据类型和数据库结构,为建立专用的生物医学信息数据库奠定基础.设计自动获取数据的软件,彻底改变手动获取数据的方式.方法:以美国国立生物技术信息中心(NCBI)建立的GenBank数据库和欧洲分子生物信息学实验室(EBI)维护的Swiss-Prot数据库分别作为一级和二级数据库的信息来源;通过分析,设计新的数据模型;建立本地数据库.编写了专用软件从网上获取数据,并且进行分类整理,存入数据库,同时利用软件的管理和查询功能对于本地数据进行管理和检索.结果:建立核酸、蛋白质常用信息数据库,设计相关信息获取、管理软件.以心衰相关基因数据库为例,利用所设计系统实现专业生物信息数据库.提出网上发布的方案.结论:结合生物技术研究的需要,设计软件获取网上的生物信息数据,可以大大地提高效率.将不同的数据库数据结合起来,建立新的数据类型和数据分类,可以改进查询方式,并实现本地发布.

关键词: 数据库, 文献型, 生物医学工程, 信息存贮和检索

[1] 刘筱敏. 利用引文数据库提升论文水平[J]. 北京大学学报(医学版), 2009, 41(6): 721-722.
[2] 梅芳, 唐军民, 钟金妍, 齐伟宏, 唐岩, 李枫. 人羊膜基质细胞作为骨组织工程种子细胞的应用[J]. 北京大学学报(医学版), 2009, 41(2): 192-195.
[3] 景霞, 张其鹏, 国强华, 卢铭, 朱晓华, 石磊, 芮伟, 尚彤. 网上免费医学生物学数据库指南的建立[J]. 北京大学学报(医学版), 2004, 36(3): 322-326.
[4] 张其鹏, 张丹, 刘贝, 朱晓华, 卢铭, 陈光慧, 尚彤, 汤健. 心力衰竭相关基因和蛋白质数据库的初构[J]. 北京大学学报(医学版), 2002, 34(3): 276-280.
[5] 张其鹏, 张丹, 刘贝, 朱晓华, 卢铭, 陈光慧, 尚彤, 汤建. 高血压相关基因和蛋白质数据库的初构[J]. 北京大学学报(医学版), 2002, 34(2): 178-183.
[6] 卢铭, 尚彤. 医学生物信息网的建立和发展[J]. 北京大学学报(医学版), 2001, 33(2): 189-191.
[7] 尚彤, 张丹, 卢铭. 生物信息学概述[J]. 北京大学学报(医学版), 2001, 33(1): 92-95.
Viewed
Full text


Abstract

Cited

  Shared   
  Discussed   
[1] 张三. 中文标题测试[J]. 北京大学学报(医学版), 2010, 42(1): 1 -10 .
[2] 赵磊, 王天龙 . 右心室舒张末期容量监测用于肝移植术中容量管理的临床研究[J]. 北京大学学报(医学版), 2009, 41(2): 188 -191 .
[3] 万有, , 韩济生, John E. Pintar. 孤啡肽基因敲除小鼠电针镇痛作用增强[J]. 北京大学学报(医学版), 2009, 41(3): 376 -379 .
[4] 李岳玲, 钱秋瑾, 王玉凤. 儿童注意缺陷多动障碍成人期预后及其预测因素[J]. 北京大学学报(医学版), 2007, 39(3): 337 -340 .
[5] . 书讯[J]. 北京大学学报(医学版), 2007, 39(3): 225 -328 .
[6] 牟向东, 王广发, 刁小莉, 阙呈立. 肺黏膜相关淋巴组织型边缘区B细胞淋巴瘤一例[J]. 北京大学学报(医学版), 2007, 39(4): 346 -350 .
[7] 燕太强, 杨荣利, 郭卫, 沈丹华. 胫骨平滑肌肉瘤伴全身多发骨转移一例[J]. 北京大学学报(医学版), 2007, 39(4): 369 -373 .
[8] 常杏芝, 卢红梅, 张月华, 秦炯. 以高血压与红斑肢痛为主要表现的汞中毒一例[J]. 北京大学学报(医学版), 2007, 39(4): 377 -380 .
[9] 李西慧, 肖锋, 李岩, 杜迎利, 宋乃庆, 张明礼. 川崎病合并心肌梗死临床治疗一例[J]. 北京大学学报(医学版), 2007, 39(4): 381 -384 .
[10] 郭艳红, 李黔, 于海奕, 高炜. 增殖抑制基因诱导血管平滑肌细胞凋亡[J]. 北京大学学报(医学版), 2007, 39(4): 394 -398 .